联想生命科学HPC解决方案

生命科学HPC应用分类

基因组医学发展路径

生命科学的主要软件

生物领域中的高性能计算最大的特点就是种类多。

①生物分子的结构测定：lllumina公司的bcl2 fastq,Genome Analys,HiSeq20O0,GAPipeline等；ABI公司的Solid3,Solid4,Bioscope。电镜EMAN,SPIDER:利用Xray方法测量用软件CCP4、ARP/wARP,CNS进行解析等：质谱仪tandom(X!tandom)等。

②生物信息学类计算：最常用的有BLAST,FASTA,HMMER,ClustalW,DNASTAR,PHYLIP,PAML,PAUP,T-Coffee,EMBOSS等。

③分子动力学类计算：主要软件有AMBER,Charmm,NAMD,Gromacs等，这类应用非常适合大规模并行。

④计算机辅助药物设计类计算：应用软件有DOCK,AutoDock,FlexX,Discovery Studio,ZDOCK,RDOCK,MORDOR等.

主要生命科学学科的工作负载

生命科学应用特点及解决方案

1.仪器后处理类的应用：

①计算量和数据量巨大，可靠性要求高；

②大容量存储+并行文件系统。

2.基因序列比对，组装；分子对接，药物筛选：

①计算任务相对独立，进程间通信量很小，计算网线速千兆或非线速万兆即可

②较大内存要求，较高的数据/O吞吐量；

③集群系统：普通两路服务器节点SRXX系列服务器，高密度刀片服务器SD630V2,或SMP胖节点

SR8XX/SR9X,或者水冷服务器SD650V2;

④大容量存储+并行文件系统。

联想井行存储解决方案

使用DSS-G的联想并行存储解决方案，可用于在站点间快速访问、分层和迁移生命科学数据

·测量数据表明，可显著提高性能。进而缩短生命科学分析时间

·可以在联想合作伙伴的帮助下，通过联想HPC团队实施基于BM GPFS的创归档解决方案

联想并行存储解决方案

·以智能群集的形式交付预先集成的GPFS存绪服务器

·高客量和接近线性的甘展能力，面向大型环境

·分摊RA1D重建问，降低网络受到的影响

3.分子动力学：

①集群系统：

高密度刀片服务器集群，4GB/Core,两个本地硬盘：

2线速无阻塞InfiniBand。

生命科学HPC参考架构

联想生命科学解决方案